Museum zu Allerheiligen
Das Museum zu Allerheiligen zählt zu den facettenreichsten Museen in der Schweiz und beherbergt unter einem einzigen Dach Ausstellungen zu Archäologie, Geschichte, Kunst und Natur. Das Museum in der ehemaligen Anlage des Benediktinerklosters Allerheiligen präsentiert neben Zeugnissen aus der Klostervergangenheit eine bedeutende Kunstsammlung mit Werken vom 15. Jahrhundert bis zur Gegenwartskunst. In umfangreichen Dauerausstellungen und regelmässigen Wechselausstellungen wird eine grosse Vielfalt an Themen beleuchtet.

Museum Stemmler
Das Naturalienkabinett im ehemaligen Wohnhaus des renommierten Natur- und Tierschützers Carl Stemmler in der Sporrengasse 7 in Schaffhausen ist eine einzigartige Institution. Als Museum im Museum bietet es eine beeindruckende Sammlung zoologischer Objekte und präsentiert ein faszinierendes Panoptikum der Tierwelt.

IWC Museum
Zur Feier ihres 125-jährigen Bestehens eröffnete IWC im Jahr 1993 ein exklusives Museum an ihrem Hauptsitz in Schaffhausen. Damit war IWC die erste Schweizer Uhrenmanufaktur, die eine solche Einrichtung besass. Seit 2007 befindet sich das IWC Museum im Erdgeschoss des historischen Hauptgebäudes, das 1875 von Florentine Ariosto Jones errichtet wurde, dem damals erst 27-jährigen Gründer von IWC.

Museum im Zeughaus
Das Museum im Zeughaus Schaffhausen bietet einen Einblick in das Wissen und die historischen Zusammenhänge bezüglich der militärischen, politischen und sozialen Entwicklung der Schweiz und ihrer Armee. Mithilfe von Exponaten aus der umfangreichen eigenen Sammlung werden auch die technologischen Fortschritte in der Ausrüstung und Bewaffnung der Schweizer Armee im 19. und 20. Jahrhundert veranschaulicht.